Single-TIANSeq nibh Index (Illumina)

Hoc tempore, scire sequencing throughput summus technology est maxime fundatur in posteros scire sequencing technology. Lectio sicut longitudinem iuxta generation is technology scire sequencing limited nos oportet conteram per plenam seriem in longitudinem parvulum fragmentum libraries in serie. Secundum diversas necessitates scire sequencing de experimenta, nobis plerumque eligere unum geminus-finita, finita scire sequencing et scire sequencing. Secundo statu DNA fragmenta Sequencing bibliotheca distributa teli plerumque 200-800 ca.

a) DNA quod habet pauperes qualis inhibitors. Uti summus qualitas DNA exempla inhibitionis vitro propter operationem.

b) Zebrafish DNA sample moles est satis, est, quod usura liberum PCR modum bibliothecam mRNA exstruendo. Cum autem initus ad L g excedit DNA redacta, PCR, libero tincidunt sodales arcu ferri potest selectively sunt in bibliothecam constructione processus. Si exemplum est numerus bibliotheca preme ut directe sequenced, in DNA bibliotheca potest augeri per PCR, nibh post ligation.

c) mRNA contagione DNA perducit ad impropria initial 'aliquando tenetur RNA contaminationem, ut est processus a die in lustratione DNA quod est inconveniens ducere potest quantitas DNA et RNA loading in bibliotheca satis constructione. RNase remota possit ab suoque colloquio ARN.

I-A

a) Parvus fragmenta (LX-CXX BP BP) Parvus videtur supersunt fragmenta sunt, plerumque aut semper nibh ut dimers formatae per adapters. Magnetica grana possunt removere purgatione Agencourt AMPure PE nibh fragmenta Sequencing accumsan orci.

b) Large bibliotheca cum fragmentis sunt in bibliothecam DNA PCR extollendam de fragmentis eius testa in mole CXX BP cum a crescat, nibh sit tantum ligentur notae. Si plus augetur CXX BP post fragmentum DNA nibh ligation posset causari alius fragmentum amplificationem PCR nimiam extensionem. PCR minuere ne res repetuntur.

c) Zebrafish DNA abnormes magnitudinem bibliotheca cum fragmentis ligation est longitudinem semper nibh ut nibh in ornamentum est LX BP. Cum utraque fragmentum adaptors ligentur in longitudine tantum augetur CXX Bp. Quo modo utamur hac nibh quam ornamentum, ut tali notitia placere contactus elit nibh providere conantur. Quaeso ut per experimentum workflow, et sequere vestigia descripsit operationem in manual.

d) ante nibh abnormes DNA fragmine molis ligation iniuria potest esse causa motus tempestatumque DNA ruptio consequat. Dissimilis alia actio tempore utendum DNA input. Si DNA initus est plus quam X g commendamus reactionem tempus eligere incipiens XII min quod tempus ipsum, et in fragmento quod extat in hac mole productum est maxime in range of 300-500 BP. Users potest augere et diminuere longitudinem mRNA for 2-4 min fragmentorum ex sua ad optimize necessitatibus requiritur ad DNA de fragmentis magnitudine.

A II-

a) Fragmentation tempus non dolor si redacta DNA parvum aut magnum, placere normas pro Fragmentation tempus Lorem cautum legem determinare motum, et hoc punctum in potestate haud statuat abbreviare vel prorogare III min reactionem ratio, ut magis accurate in fragmenta dissolutionem tempus temperatio.

A III-

Distribution magnitudine fragmenta post curatio Effectus abnormes DNA

a) partitionis ratio recta tabidaque tenui vel plane non mixtum cum tenui tabidaque. CALEFACTO in V × Fragmentation falciparum Natus Est reagens est glacies. Cum dilapsa diffunderet, leniter miscere, tenui pariter flicking a fundo tubi. Vorticis non reagens;

b) DNA quod habet specimen initus EDTA vel scelerisque ions et salis deperditionem Quelante agentibus minus gradum in in DNA est maxime momenti pro victoria experimentum. Si DNA est dissolvi in ​​I × TE, ad modum utuntur provisum praestare disciplinam in fragmenta dissolutionem. Si incertum solutione Azospirillum intentio commendatus lustrare deionized aqua postea in DNA dissolvere elit.

c) DNA Inaccurate prima quantitas propinqua est DNA fregit Moles moles DNA input. Curatio ante ipsum perfringit, accurate per DNA Qubit quantitas, Picogreen et alii modi de ratione determinare moles opus diei in DNA ad reactionem ratio.

 d) praeparatio reactionem reactionem ratio non sequitur ratio disciplinae praeparatio peragendum glaciem fregit stricte secundum praecepta. Curare optimum omnium partium motus reactionem ratio adhibenda est praeparatio glacie plenam post refrigerationem ferretur. Post parasceven compleatur Pipet velit vel moto et permisceto. Non trahant?

1. Impropria modum mixtionis (TURBO, vehementi agitatione massae etc.) et faciat abnormes distribution ex bibliotheca fragmenta (ut in sequenti ostendetur auferebat), sic qualis est tamen in bibliothecam. Unde parat, cum a solutio reactionem Fragmentation Domine, obsecro pipette leniter miscere sursum et deorsum, seu ad primum digitum dare RAPIO conterere et cerato miscere aequis utor. Observa et cave nequando admisceat VERTEX.

2. High DNA puritas debet esse in bibliotheca constructione

■ bonum integritas DNA, electrophoresis et plus quam XXX cohortis kb, sine tendentem fuerant

OD260 ■ / CCXXX:> 1.5

OD260 ■ / CCLXXX, 1.7-1.9

3. DNA initus accurate quantum fieri necesse est, ut suggesserant, et Qubit PicoGreen modi quantitare DNA, quam Nanodrop.

4. Contentum EDTA solution debet determinari in DNA magnum EDTA habet influentiam in fragmenta dissolutionem reactionem. Si autem EDTA contentus est princeps, DNA purificationem fieri necesse est quod ante test subsequent.

RA5 Ad quintum fragmenta dissolutionem reactionem solution paratus sit in fragmenta dissolutionem et glacies processus reactionem est sensitiva tempus et temperatus (praesertim post addit enhancer). Convenit ut subtiliter reactionem tempus, para sis reactionem ratio in glaciem.

6 Praeterea, species aliqua divisarum tempus reactionem reactionem est non accurate et tempus gradum in fragmenta dissolutionem et directe afficit magnitudinem fragmentum sit amet, sic tamen in mole distribution DNA fragmenta redigit, in bibliothecam.

1. Quod genus hoc sample est conveniens ornamentum?

Quod pertinet specimen istud ornamentum species potest esse bonorum et mRNA sequence RNA et sanctificata est integritas. Si RNA in templo construendo est ad bibliothecam proponendas, suadetur ut per deperditionem ornamentum rRNA (Cattus # 4992363/4992364/4992391) ad removendum prius rRNA.

2. Can FFPE exempla possunt construi cum hoc bibliotheca ornamentum?

Et mRNA in FFPE exempla tuos abeat frater meus, ut quid, cum relative pauper integritas. Et ornamentum usura is pro constructione bibliotheca, suadetur ut optimize usque ad fragmentatio tempore (abbreviare tempus, in fragmenta dissolutionem et non faciendo, vel in fragmenta).

Legio gradu opus manuum modum cautum Usura 3. Quid faciat inserta videntur parum erroris portio est?

Magnitudine lectio fiet electio peragitur stricto magnitudine Product gradus manual. Si ejusque causas aequare non possit ut esse locus temperatus seu globuli magnetici ad plenum mixtus et umor aut pipette non accurate in faucibus. Commendatur ut in experimento aestivum humilis labris.

4. Electio adapters de constructione sunt in bibliothecam

De constructione ornamentum bibliotheca non habet semper nibh ut membrana tenui et factum est suadetur, ut hac una cum TIANSeq Album ornamentum-nibh Index (Illumina) (4992641/4992642/4992378).

5. De bibliotheca ipsa QC;

Bibliotheca quantitatis deprehendatur: Qubit qPCR et missa sunt ad determinare intentionem animi et molarem concentration bibliothecam respectively. Et operatio per se est productum ex manual. Retrahitur ad bibliotheca et plerumque NGS maritimae res postularent, scire sequencing. Deprehensionem bibliotheca range distribution: Using Agilent Bioanalyzer MMC est deprehendere bibliothecam distribution range.

Electio numero 6. de amplificatione exolvuntur

Secundum praeceptum est cursus 6-12 PCR numerum et secundum numerum legeretur opus PCR cursus Sample input. Magni cedat bibliothecae per amplificationem plerumque plus minusve, quod quidem paulo maius culmen et fastigium target rhoncus deprehensionem Agilent MMC Bioanalyzer vel manifestis retrahitur Qubit inferior quam Constructs. Virgo clemens et per extensionem a normalis phaenomenon, non ponitur quod subsequent bibliotheca scire sequencing et notitia analysis.

7. Spicae in palam apparet ex profile Agilent MMC Bioanalyzer

Et in specie de spicis Agilent MMC Bioanalyzer palam est ob asperam in fragmenta dissolutionem exempla, in quibus plura erunt fragmenta redigit, in mole quadam et post haec uberius palam fiet PCR locupletandi. In hoc casu, ut suggesserant ne conplere magnitudine lectio, id est, ad condicionem posuit in fragmenta dissolutionem XCIV ° C min XV a novilunio fragmento quod extat in parva et attenti distributio, et potest dici homogeneitatis melius.